セントラル・カセドラル95階《暁星の望楼》に到着したキリト達はユージオが残した青薔薇の剣を回収してさらに上階を目指す。元老院の秘密やアリス・ツーベルクが整合騎士になる過程が明かされる中、キリトの前に立ちはだかったのはシンセサイズを受け整合騎士になったユージオだった！

お人好しな性格の四葉は、人の頼み事を断れずにいた。気になった風太郎は後をつけてみる事に。一方、風太郎の生徒手帳を手にした二乃。挟まれていた写真に映る、謎の金髪少年の正体とは！？

アクアウイタエを飲み《しろがね》となってしまったエレオノールを守るため、正二とギイは彼女をキュベロンに送り込む。37年が経ち、ようやくエレオノールに再会した正二だが、目にしたのは人形の様になってしまった我が子で…。才賀貞義の恐るべき計画も明らかになる！

実戦授業を経て生徒の信頼を勝ち取ったリムル先生！彼らに上位精霊を宿す事でその身を滅ぼす程の魔素エネルギーを制御できないかと考えるが、”精霊の住処”を見つけられないまま1ヶ月が経過する。

アリス・ツーベルクに関する全ての情報を聞いた”整合騎士アリス”はキリトと共闘することに。一方、カセドラル最上階で目覚めたユージオの前に、アドミニストレータが現れて…！？

中間試験当日にも関わらず遅刻した五つ子と風太郎！四葉ドッペルゲンガー作戦で生徒指導の突破を試みるが…！？さらに試験結果発表で全員の赤点が確定！風太郎がクビになりかけたその時、助け舟を出したのはなんと二乃だった！

赤ん坊のエレオノールと接するうちギイやフランシーヌ人形の様子に変化が見え始める。ある夜、才賀家にオートマータの大群が襲来。去るように命じたフランシーヌ人形だが、オートマータはなぜか命令を聞かず…！彼らの目的とは！？

カリュブディスの騒動がひと段落した頃、リムルはシズの教え子に会うためイングラシア王国を訪れる。そこで出会ったグランドマスター、ユウキ・カグラザカの計らいで《召喚者》の子供達の教師をすることになるのだが…！？

中間試験を一週間後に控えたある日。風太郎に五つ子の父から電話がかかってくる。それは”姉妹のうち誰か一人でも赤点を取れば家庭教師をクビにする”という通告だった！一、三、四の勉強も思うように進まないなか、五月と大喧嘩してしまい…！？

正二とアンジェリーナの子供はエレオノール！貞義は養子で、かつてディーン・メーストルを名乗る《しろがね》だった！しかもその外見はジンに瓜二つで…！？アンジェリーナと少年ギイ、正二とフランシーヌ人形の接点が明かされる！