現役No.1ヒーローのエンデヴァーとNo.2のホークスを、新型の脳無・ハイエンドが襲う！ハイエンドの圧倒的な力の前にエンデヴァーは窮地に陥り、街の人々にも危険が迫っていく。その姿を見つめるデク、轟、オールマイトの心に去来するものは。

青色巫女見習いとして神殿入りしたマイン！平民出ながら異例の好待遇を受ける彼女に周囲が向けたのは嫉妬と敵意、軽蔑の眼差しだった。神官長と共に誓いの儀式を終えると、傍仕えを紹介される。しかし彼らの問題児っぷりと神殿の常識にマインはたじたじ！？待望のシリーズ第2部スタートです！

ミミナシという謎の生命体により人類が危険にさらされる世界。リバチェスタのごみ山で採掘仕事をしていた少年エコヲは記憶喪失の少女と出会う。腰にインプットジャックが空いた少女はそれを戦闘メカ・イクイップメントに接続しミミナシを倒すことが出来る唯一の存在・プレイヤーだった。

ちょっと下品な漫画を連載中の後藤可久士は、娘の後藤姫にバレるのを恐れ、「漫画家であること」を隠し続けていた。ある日、連載する「週刊少年マンガジン」の新しい担当編集者・十丸院五月から打ち合わせの連絡が入る。しかし、一向に十丸院は仕事場にあらわれない。なんと十丸院は間違えて自宅へ訪問していたのだった!?「姫が留守番している家に編集者が来たら、漫画家だとバレてしまう！」と、可久士は自宅めがけて飛び出していく。

サラリーマンが居眠りから目を覚ますと、貧乏貴族の8男ヴェンデリン・フォン・ベンノ・バウマイスター（5歳）になっていた。領地も継承できず、他の兄たちは自立して家を去っていく。しかしある日、ヴェンは自らの魔法の才能に気付く。そんな彼にお抱え魔法使いを名乗るアルフレットが接触してきて…。

カイマンVSニカイドウ勃発！会川と似たような頭痛に襲われるカイマンは、暗闇で謎の男を目撃する。契約書を取り出したことで一時的に正気に戻ったニカイドウ。アス、鳥太と近くにいるはずのカイマンを捜索するが…！？

秋深まる11月、現役プロヒーローのランキング「ヒーロー・ビルボードチャートJP」が発表された。名だたるヒーローたちが上位にランクインする中、1位にエンデヴァー、2位に若干22歳のホークスが名を連ねる。発表のステージ上で他のヒーローたちに挑発的な態度を見せるホークスに対し、エンデヴァーは多くは語らず、前を見据えて「俺を見ていてくれ」とNo.1ヒーローとしての姿勢を示す。

突然のチーム解散宣告。納得できないいろはに、やちよは自らの願いのせいで周りの人が死んでしまうのだと言う。記憶ミュージアムからの脱出を図る二人の前に、マギウスの翼とマミが現れた。ホーリーマミと化した敵にやちよが苦戦する中、さやかが駆け付けて…！？

氷室が雪村にプレゼントした眼鏡ケースはなぜか粉々に砕けていて、ショックでその場から逃げ出した氷室。棘田は、氷室が階段で転んだ際に壊れた可能性を指摘するが、雪村は眼鏡ケースの質量、材質、落下時の高さなどから衝撃値を推測し、何者かが人為的に破壊したと結論づける。ようやく夜明けの橋で、裸足でひとりうずくまる氷室を見つけた雪村。果たして二人は仲直りできるのか。

人狩りにソマリを襲われ暴走してしまうゴーレム。逃げ惑う人狩りたちを襲うゴーレムを、身を挺して止めようとするヤバシラ。しかし暴走で意志を失ったゴーレムは容赦なくヤバシラを攻撃する。ソマリはお互いの絆を信じてゴーレムの目前に立ちはだかる。