2016年、各地の武装勢力やテロリストがエグゾフレームの利用を始め各国政府もその軍事的可能性に気づきつつあったがザンクトガレン協定の存在が、正規軍での採用を阻んでいた。その例外がインド陸軍だった。陸上自衛隊所属の三谷島黎と名乗る男が視察のための交換将校として訪れる。

混沌たる世界・ホール。扉の向こうから現れる魔法使いによって頭部をトカゲにされたカイマン。彼は自らの顔と過去の記憶取り戻すため、そして口の中にいる謎の男の正体を知るため、相棒のニカイドウと魔法使いたちを狩っていた。

水崎がアニメ研究部に入ることを親に禁じられているので、浅草・金森とともにアニメを作るには新しい部活を立ち上げるしかない。３人は職員室に向かう。既にアニ研があるため、アニメを作ると言うわけにはいかない。実写系の部活が教師に求められていることを知った金森は、映像部を名乗ってアニメを作ることを発案する。

「うい」の手がかりを求めて再び神浜町へやって来たいろはは、トリオで魔女狩りをしている魔法少女・かえで、ももこ、レナと出会う。親切な3人はいろはに力を貸してくれるのだが、ひょんなことからかえでとレナが喧嘩別れをしてしまう。ちょうどその頃、神浜には「絶交階段の噂」が広まっていた…。

ある日、彩玉大学に通う理系大学院生の才女、氷室菖蒲は雪村心夜に告白する。だが、恋愛経験のない二人は、互いが本当に好きなのか不安で仕方ない。そこで、「一般性のある好きの条件」を見つけ、互いの気持ちを判定することにした。雪村は氷室に「壁ドン」「顎クイ」「袖クル」などをしながら、氷室の心拍数を計ることで、恋のトキメキを定量的に計測しようとするが…。

パリコレを夢見る藤村千雪は、しかし158㎝で成長が止まってしまう。父が経営するモデル事務所を解雇されても夢を諦めきれない千雪。彼女はある日、同級生の都村育人がファッションデザイナー志望だということを知る。運命の出会いは、二人の夢の第一歩へと続いていた。

異形との戦争に敗れた人間が姿を消した世界で、人間を探して旅をするゴーレムと人間の子供ソマリ。旅の途中で立ち寄る街の人々は、本来森から出ることのないゴーレムの来訪に驚く。一方、好奇心旺盛なソマリは新しい街に夢中になり、ゴーレムとはぐれてしまう。

学校七不思議の7番目・トイレの花子さん。かもめ学園に通う少女・八尋寧々は、恋愛成就の願いをもって旧校舎を訪れる。しかしそこに現れたのは花子さん…ではなく花子くんだった！

友人の理沙の勧めでVRMMO『NewWorld Online』を始めた本条楓ことメイプル。「痛いのが嫌だから」という理由で大盾を装備し、ステータスを防御力に極振りする彼女は、その特殊さから、トッププレイヤーにも一目置かれるようになり…。

エグゾフレームと石灰岩による「通商」を開始してから約1年。先進諸国は自国の産業保護などを目的としてその利用を規制する協定を批准したのに対し、発展途上国においてはその低廉性と汎用性から急速な勢いで普及していた。