魔眼蒐集列車の事件から数日後。しかしハートレスの野望、事件にはまだ続きがあるとエルメロイⅡ世は予見する。スヴィンがプライドに昇格。グレイは手帳を渡せるのか？第5次聖杯戦争の参加を辞退したウェイバーは、夢の中でイスカンダルと再会する。

エルメロイⅡ世の華麗な謎解きで事件の真相が明らかになる。真犯人はカウレスに化けていた現代魔術科先代学部長ドクター・ハートレスだった！ヘファイスティオンの正体と最期の戦い！グレイは決着をつけるべくロンゴミニアドを発動させる！

オルガマリーと協力関係を結んだエルメロイⅡ世。ついにオークションが始まり、抱影の魔眼の値はその日の最高額を叩き出す。しかしオークションを一旦停止したエルメロイⅡ世は、7年前の事件と絡めてトリシャ殺害の推理を開始。実行犯のカラボーと黒幕は別にいる！？

グレイが魔眼列車に合流。ルヴィアと獅子劫は「心臓のない男」と義理の妹の存在にたどり着く。一方、乗客を集めた化野は自らの推理を披露。犯人として名を挙げられたのはカラボーだった。しかしエルメロイⅡ世がそれに待ったをかけて…！？

何者かの細工により魔眼列車がアインナッシュに突入。列車を動かすべく、合流したメルヴィンらとともに霊脈を探すグレイだが、再び現れたヘファイスティオンと戦う事に。オルガマリーは謎の術式を発見し…！

犯人が指定した時刻が迫る。客車の外で待機するエルメロイⅡ世とグレイの前に現れたのは、イスカンダル第一の腹心を名乗る英霊・ヘファイスティオンだった！戦闘の最中、エルメロイⅡ世は酷い火傷を負ってしまい…！

グレイ、カウレス、化野らと魔眼列車に乗り込んだエルメロイ2世。他の招待客もみな怪物揃いで気の抜けない状況が続く。盗まれた聖遺物と犯人の手がかりは未だ無い。オークション開催日までは特にすることもなく、独自に調査していたその矢先に第1の殺人が起こる！

師匠が参加した聖杯戦争で何があったのか？情報を得るなら代価を。ライネスの道楽に付き合う事になったグレイは初の女子会に参加する！しかし合流したルヴィアと共にとある事件に巻き込まれてしまい…！？

悪霊・ブラックドックの出現。エルメロイⅡ世は仮説を実証するためにウィルズ、ライネス、獅子劫らの協力を得て儀式を行う。明かされる事件の真犯人。妖精とその国へ至る門が開いた時、グレイはロンゴミニアドを発動する！

エルメロイⅡ世は聖杯戦争への参加を諦めきれずにいる。降霊科の重鎮・ウィルズの父が遺した工房が暴走。多くの死者が出ていた。霊脈の狂いが原因だと判断したエルメロイⅡ世は事件の真相を明らかにすべくライネスらと共に工房へ。しかしまたしても新たな犠牲者が…！