第三王女と合流した上条とフロリスは天草式とも合流することができた。アックアに助けられインデックスを取り戻した上条はカーテナ＝オリジナルの停止を目指して術式の施された地下鉄を進むことに。

カーテナオリジナルを持ったキャーリサは国家となった。騎士団長は神裂やアックアと対戦することに。上条は別行動でインデックスと合流するために列車へ乗り込んでいた。

バッキンガム宮殿に通された上条とインデックス。ユーロトンネルの爆破の問題についてのエリザード陛下と王女三人との作戦会議へ臨む。新たなる光の暗躍を阻止するため上条はオリアナと行動を共にする。

土御門の命によりイギリスへ向かうことになる上条とインデックスはテロ事件に巻き込まれることに。犯人を探し出し男女平等パンチを繰り広げるが、共犯者の存在に気づく。

聖人同士の激闘、病院を抜け出した上条。神裂は天草式十字凄教の仲間全てと力を合わせようとする。イマジンブレーカーの力が、聖人崩しが、炸裂した後…。

上条の危機に落ち込む五和。建宮が檄を飛ばすと黒いオーラを出して五和は覚醒を始める。アックアが強すぎて勝ち目がないとその時救世主が！

学園の日常に戻った？食べ物を買うため学園外に出ようとする上条。五和が護衛としてやってきた。後方のアックアが上条を狙っているという。

アイテムの隠れ家がスクールに襲撃される。浜面を呼び出した絹旗と滝壺の前には垣根帝督が。あるものを使って能力を拡大していことを知った浜面は行動に出る。

メンバーやブロックの交戦員との対決が始まった。ブロックの狙いは結標。海原のかつての仲間、アステカの魔術師ショチトルが現れた。妙な術式を極めていることに疑問を持つ。

学園都市暗部編開始。グループ、スクール、ブロック、アイテム、メンバーの５つの組織が存在し独自に動いているという。レベルの高いもの同士の戦いは壮絶を極め、グループの面々は各組織の動きを探っていた。