大会社から社員全員分の給料が盗まれる事件が発生。犯人は遺留品の煙草を手掛かりに捕まったが、盗まれた給料は依然行方知れずのため、発見に懸賞金がかけられることになった。啄木と絶交中の京助は、犯人が利用したタバコ屋のつり銭で受け取った二銭銅貨に細工が施されていることに気付き大興奮。啄木を差し置いたまま京助は平井少年と共に解読に挑む。

人気役者の橘乙次郎が活人形「金銀花」にかみ殺されるという猟奇事件が話題となる。ほどなくして乙次郎の後輩である泉若が自首したことで落着を見ていたが、泉若はミルクホールで働く季久と恋人同士だった。吉井は、片思い中の季久から泉若の無実の証明を頼まれる。そこに、京助と絶交中で金欠の啄木が割込み、二人で事件を調べることに。

友人の詩集に刺激されながらも自信を失いそうになる啄木を励ます京助。しかし、同郷の女郎・おえんの見受け話に啄木が関係していることを知ったことで苛立ちを隠せない。一方、ミルクホールでは、給仕の季久への告白を巡り、吉井・朔太郎・牧水の三人が、胡堂の審判のもと歌合戦をする。3人が飲み明かした朝、下宿先に啄木を訪ねてきたおえんは京助に餞別を託して去っていった。

連日新聞を賑わす凌雲閣の幽霊目撃騒動。浅草を仕切る六郎は、啄木に真相究明を依頼する。京助と現場へ向かった啄木は旧友の元新聞記者・山岡と再会。啄木は幽霊騒動に山岡が関わっていると見抜くが、山岡は「ノドノツキ」と言い残して去ってしまう。一方、幽霊を映し出す仕掛けを作った幻燈師・松吉が殺されるという事件が起きる。松吉は2か月前に起きた婦女暴行事件の第一発見者で、被害女性は死の間際に「ノドノツキ」という謎の言葉を遺していたという。

京助が警察に逮捕されてしまった。真相に迫るべくミルクホールに集まった萩原朔太郎と野村胡堂ら友人の文士たちがそれぞれ推理を披露することに。さらに、夏目漱石の紹介でやって来た芥川龍之介も謎解きに参戦するが、どれも決め手にはかける。悩む一同の前に平井太郎と名乗る少年が現れ、一昨日の夜に全ての原因があると語り始める。その見事な推理に驚く文士一同。その推理とは？

警察が京助の部屋へ訪ねてきた。華ノ屋の女郎・お滝が殺されたというのだ。啄木の「お滝の部屋で京助を見た」という証言から京助に殺人犯の疑いがかかってしまう。酔って帰宅した啄木を問いつめる京助だが、啄木は一向に取り合わない。一方、京助はお滝の部屋に残されていた啄木のローマ字日記を根拠に、犯人は啄木かもしれないと疑い始める。果たして真実はどちらにあるのか？

東京で一旗揚げようと、中学の先輩である金田一京助を頼り上京した天才歌人、石川啄木は創作をそっちのけで酒と女にうつつを抜かし万年金欠状態。そんな折、二人は殺人事件の第一発見者となる。被害者は荒川銅山の使用人の達吉。容疑をかけられた二人だが啄木の推理でその場を逃れる。見事な推理に京助は感心する。