モリアーティが残した犯罪から彼の隠れ家を発見したシャーロックとモリアーティ。しかし閉じ込められた二人に謎解き脱出ゲームが課せられる。迫る爆弾のカウントダウン。一番奥の部屋でモリアーティが待っている！姿を消した親友は何者であったのか。シャーロック最後の推理落語が始まる！

シャーロックに2件の殺人容疑が掛けられる。友を信じるワトソンは「シャーロックを連れ戻してほしい」と探偵仲間に依頼するが断られてしまい…。モランの屋敷に灯る明かりの謎。モリアーティからメッセージを受け取ったシャーロックはウエストの区庁舎へ向かう。そこで彼を待っていたのは…！？

旅する元パン職人（助手）を名乗りスレを立てるワトソン。異常なお人よしが災いし、幼いころからサークルクラッシャーだった彼の過去が明かされる。モリアーティは生きている！？再び捜査を始めるシャーロックだが、その様子はどんどんおかしくなっていき…！？

京極はルーシーの携帯から新たな爆弾予告を発見。招待状を受け取ったシャーロックは、ワトソンと共に庁舎へ向かう。警察や機動隊が待機する中、再びあいまみえる3人。シャーロックは破壊と殺人願望を止められなくなってしまったモリアーティの首に手を伸ばす。

愛や道徳や良心をいくら注いでも満たされない心。本人の口から語られるモリアーティという人物は、最初から壊れていた。切り裂きジャック事件をきっかけに享受した彼は暴走を始める。一方、メアリは人質にされた姉を救うべくワトソンに刃を向けて…！？

モラン主催のチャリティコンサートに集団脱獄犯のひとりアルバートから爆破予告が届く。会場の警備にあたる探偵達だが爆弾を見つけることができない。ついにシャーロックはとある人物を呼び出し口を開く。「黒幕はお前だろう、モリアーティ」。

ヒーロー探偵として人気を増していくモリアーティに寄せられた大量の依頼。その一つ、動物園で発生した動物連続殺害事件を担当することになったシャーロックだが、調査を進める中でかつて解決した桃太郎ズ殺人事件との繋がりが浮上する。しかしモリアーティに追い詰められた真犯人は自殺。偶然の結末か、それとも…。

第7刑務所脱獄犯の不審死が相次ぐなか、イーストで落書き事件が大発していた。依頼人・モリアーティは自らも探偵となって落書き事件の真犯人を捜すことに。だが逃走を図った真犯人・雲隠れサイゾーは謎の数字を残して死亡する。モリアーティは人質の子供を救った「ヒーロー探偵」として人気者に。一方、シャーロックは一連の事件に引っかかりを覚えていた。

殺人容疑で逮捕されたキャバ嬢・エリカはミッシェルの娘だった！真犯人捜索に手を貸すシャーロック。その理由は…？ミッシェルは娘の無実を証明すべく大奮闘！大地主の屋敷に忍び込んで証拠を奪おうとするが…！

呼び込みのディランが「音信不通の婚約者キャシーを捜してほしい」と依頼してきたのだが、彼はキャシーに言われるがまま、怪しげな団体に大金を支払っていた。ワトソンとメアリは潜入捜査を開始する！着実に証拠を集めていくなか、メアリを庇ったワトソンが毒薬を打たれてしまい…！？