身体も心もボロボロになった京極は入院を余儀なくされる。そして依頼主の少年・フータロウが、異世界転移したかもしれない親友を助けてほしい、と探偵長屋に駆け込んでくる。非現実的な内容に、意外にも反応したのはシャーロックだった。

囚人・アルバートに目をつけられたモリアーティは日常的に暴行を受けるようになる。シャーロックの事務所を訪れたマイクロフトの意味深な行動。シャーロックが歌舞伎町に流れ着いた経緯とモリアーティとの出会いが明かされる。

切り裂きジャック事件の真相が探偵達に暗い影を落とす中、ハドソン夫人の愛猫・パイプが行方不明になった。しぶしぶ捜索に乗り出す探偵達だが、パイプの暴走にかく乱され…！？歌舞伎町を去るアイリーン。モリアーティに忍び寄る怪しげな男の正体とは！？

モリアーティとアレクサンドラは双子の兄妹だった。シャーロックのちんこ推理で切り裂きジャックの正体がついに暴かれる！京極が絶望するなか本性を現すマキ。アレクサンドラの最後を知ったモリアーティはナイフを手にして…。

アイリーンの死にショックと動揺を隠せない探偵たち。切り裂きジャックの正体がモリアーティではないかとの疑いを強めていくワトソンは本人に直接問いただす事に。しかしシャーロックの疑いはワトソンに向けられて…！？京極が豹変、その目的はUSBだった！

切り裂きジャックに滞在場所を知られたアイリーンは、シャーロックのもとへ避難する。警戒を続けるシャーロックとワトソン。だが、それをあざ笑うように切り裂きジャックが現れて…！？さらに京極の猛烈なアタックを受け、マキちゃんの態度に変化が見え始める！

新たな依頼を受け、アイリーンとワトソンが調査を開始した。お留守番のワトソンは依頼人の娘の子守をすることになって…！？切り裂きジャックによる新たな殺人事件も発生！狙われるUSBメモリ！次の標的はアイリーン！？

モラン區長の秘書でシャーロックの兄・マイクロフトが依頼を持ち込んできた！内容は盗まれたUSBを捜す事。1500万もの報酬にやる気をみなぎらせる探偵たち！ワトソンはUSBを盗んだアイリーン・アドラーの屋敷で潜入調査を開始する！

歌舞伎町遊撃隊の少年・ヨシオは兼古組の中でも危険分子として知られる杉本から金をスってしまい、仲間と共に窮地に追い込まれる。杉本は寅太郎の元兄貴分でもあった。歌舞伎町遊撃隊の救出へ向かう寅太郎。そんな彼をシャーロックは「馬鹿なくせに優しすぎる」と評する。

「予備校に通いたい」というメアリのため、ルーシーは兼古親分から200万円を借金することに。その帰り道で、何者かに同額を奪われ自殺しようとする力士に遭遇。助けたついでに200万円も渡してしまうのだが…。シャーロックは推理落語で事件の真相を暴く！