ポータルの最深部でのサラとブラントの戦いが始まった。人類を信じるサラが選んだのは両陣営の力を使ってダークXMを消し去ることだった。その思いを知った誠は全世界に呼びかけようとする。

ブラントがシミュラクラとしてある施設で蘇っていた。コラボレーターズすらも利用した彼の計画は最終段階へ進み始めていた。

アバドンへ到着したジャックと誠は衝撃の事実を劉から知らされることとなる。その頃意識体の中でサラとブラントが対話をしていた、サラの能力はもっと強大であることを知らされる。そして世界ではついにARゴーグルが発売されることに…

スイスに到着したジャックと誠。追っ手から救ってくれたのはADAという人工知能だった。自分の存在意義・目的を話したADAはジャックと誠の潜入を遠隔援護する。

SEとの戦闘、数の多さに太刀打ち出来ないと思っていたが誠が能力を使い大昔の抜け道を発見する。そしてゴーグルに埋め込まれた秘密。なんとか逃げたが再び追手が忍び寄り…。

増大したポータルの光、誠が手をかざすことでサラの呼びかけが聞こえるように。目的地を目指すジャックと誠が襲撃され捕らわれる。囚われた先で出会ったのはハンク・ジョンソンという男だった。

慈恩に作ってもらった偽造パスポートを使い出国する誠とジャック。劉が手配した暗殺人も乗っていたため飛行機内は大混乱。誠の能力でなんとか操縦を試みるが・・・。

誠を守るためにサラが劉天華にヘリで連れさられてしまった。ジャックに助けてもらった誠は彼のバイクでサラの手がかりを追いかけることとなった。

新幹線にジャックとヒューロン会社の者たちが乗っていた。慌てて逃げるサラと誠。ようやく見つけた研究所で青と緑のポータル以外の赤のポータルを発見する。データサーバー所に侵入した二人は実験の目的を知る…。

フラッシュフォワードという能力を持つジャックから追われるサラと誠。サラの失われた記憶を探るべく彼女の手に触れるとそこに爆発前の情報が現れた。