アメリカのゾナハ病研究治療病院で目覚めた鳴海は記憶を失っていた。彼を運んだフランス人の男・ギイと老婆・ルシールは、ゾナハ病の元凶であるオートマータを倒す必要があると言う。

鳴海が姿を消して2ヶ月が経った。勝は小学校へ、しろがねは交換留学生として高校へ通い始める。勝の勧めで、廃業寸前の仲町サーカスを訪れたしろがね。そこで新たな仲間との出会いが待っていた！

阿紫花を味方につけた勝！捕らわれた鳴海としろがねを救出するが、手練の人形遣いに追い詰められてしまう！鳴海達が戦闘不能になる中、勝はしろがねに変わりあるるかんと共に戦うのだった！

誘拐された勝を救出すべく、鳴海としろがねは阿紫花と一時共闘し才賀前社長のからくり屋敷を襲撃する！一方、叔父に囚われた勝は屋敷から脱出を試みる中で、父が遺した謎のファイルを発見し…！？

プルチネルラを使う男の襲撃を退けたしろがねは、勝と共に鳴海の家に身を寄せることになった。だが新手の敵により勝は誘拐されてしまう！再び現れた男・阿紫花英良は、鳴海としろがねに「とある情報」を提供する。

莫大な遺産を相続した少年・才賀勝を狙う謎の男達。それは人間ではなく、精巧からくり人形だった！青年・加藤鳴海と人形遣いの少女しろがねは、彼を敵から守る戦いに身を投じていく…！

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