ビーストⅡとの激闘を終え、再会した仲間に別れの挨拶をする藤丸たち。彼らが最後に向かったのは、玉座に座るギルガメッシュ王のもとだった。ウルクの手土産に、と渡された麦酒。それを注がれた聖杯。藤丸とマシュの帰還をもって魔獣戦線は終結。戦いは終局特異点、冠位時間神殿ソロモンに続く！

ビーストⅡへ姿を変えたティアマトだが、顕現した山の翁、ハサン・サッバーハによって不死性を奪われる。藤丸たちが総攻撃を仕掛けるも地上への道を駆け上がるビーストⅡ。そこに現れたのはサーヴァントアーチャー、英雄王ギルガメッシュだった！

ゴルゴーンの宝具でもティアマト神を倒すことができなかった。迎え撃つギルガメッシュ王はディンギルを一斉照射するも狙撃されてしまい…。キングゥ最後の勇姿。藤丸とマシュは冥界でエレシュキガルと合流。ティアマト神に最後の戦いを挑むが、予想をはるかに超える反撃を受け窮地に追い込まれる。そこに現れたのは花の魔術師、そして山の翁（キングハサン）だった！

キングゥに接触したギルガメッシュは何を口にするのか。ティアマト神との最後の戦いが始まった。牛若丸の乱入と弁慶の帰還。ケツァルコアトルの連続宝具と藤丸の令呪をもってティアマト神に挑むが、倒すことができない。さらにゴルゴーンまで復活し、戦況は苛烈を極めるのだった。

ティアマト神の本体が出現した。南米の最高神ケツアルコアトルですら傷一つ付けられないそれを前に、人類に残された時間は2日と迫る。突破口はエレシュキガルと冥界の門！切り札はギルガメッシュ王も期待を寄せるイシュタルのグガランナ！しかしイシュタルの様子がおかしくて…！？

聖杯を抜き取られ、逃走を図るキングゥにラフムの魔の手が迫る。彼を救ったのはラフムになったシドゥリだった。藤丸たちの前に黒化した牛若丸が立ちはだかる。聖杯はティアマト神の手に落ちた。迫る人類滅亡の時、ロマニが提示する唯一の打開策とは。

その身を代償にゴルゴーンと決着をつけたアナ。しかし特異点は消滅しなかった。七つの人類悪の一つ・原罪悪の獣ビーストと、新人類ラフムの出現。人類滅亡の時が迫る中、急ぎウルクに戻った藤丸はギルガメッシュ王の側に控えているはずのシドゥリが居ないことに気づく。

アナと花屋のおばあさんが過ごした短くも大切な時間。マーリンが望むのは人類のハッピーエンドだった。ついに訪れる決戦の時。北壁はケツァルコアトルの前にキングゥが姿を現す！マルドゥークの斧を受け取ったマーリンは鮮血神殿の一部を破壊。藤丸一行はその内部に乗り込むが…！？

エレシュキガルが三女神同盟に与したのは「一人でも多く魂をこの死の国で保護するため」だった。ジウスドゥラによって3女神同盟の契りが切られ、藤丸と手を組むことにしたエレシュキガル。ギルガメッシュ王は冥界からの去り際、そこに埋葬されたはずのエルキドゥの遺体が無い事に気づく。

ウルクで相次ぐ衰弱死。原因はイシュタルと表裏一体の存在にして三女神同盟の一柱・エレシュキガルだった。ギルガメッシュ王の魂を解放するためにも冥界へ向かった藤丸だが、エレシュキガルの宮殿に通じる門で究極の選択を迫られる！