二つの世界にまたがる観測者として選択を迫られるユキ。全てが終わり、地上で保護された彼女はしかし一部の記憶とタクヤの事を忘れていた。ユキと脱出したはずのタクヤは行方不明のままで…！？

仲間の力を得てロストに突入したタクヤとユキ！しかし波動性物質の影響か、意識が混濁し始める。試されるふたりの絆！一方、スズナを切り捨てたタイヨウはロストの中でダイチと再会。その首に手をかけ葬ろうとするが…！？

ロスト内部に居るダイチの存在を確信した所長・タイヨウは人体実験を加速させるが思うように成功しない。そこで副署長のツキが自ら実験体になると名乗り出たのだが…。ロストに蔓延する波動性物質の驚異を知ったユキとタクヤは新たな決断を迫られる！

並行世界からやってきたユキの父・ダイチ。そして所長と副所長は、元居た世界の人々を救う「ノア計画」の成功へ向けて秘密裏にポータル装置の研究開発を行っていた。そんなある日、ダイチはミフユという女性に出会う。

ラクーナケミカル研究所をまるごと消してみせる、と生放送で宣言したヨシアキ！タクヤたちは混乱に乗じて研究所内に潜入し人体実験の証拠を掴む！所長が任意同行に応じる中、ソウマに異変が！それはロスト発生直前と同じ現象で…！

タクヤは何故一匹狼の運び屋となり、人一倍契約にこだわるようになったのか。それはかつて彼が「希望の光養護学園」で潜入調査をしたことがきっかけだった。学園とラクーナの”黒い繋がり”を示す証拠を探せ！

月の涙を取り出したソウマはタマシイになったツバサを召喚する！彼の猛攻を喰らったアキラは消滅。ヨシアキにも兄の攻撃が襲い掛かり…！？アーティファクトとケミカル社、ヨシアキ兄弟の関係が明らかになる！

発見された”月の涙”はソウマが持つアーティファクト”星の涙”と対になる秘宝だった。マジシャンのヨシアキは、怪盗団Xのボスでもある実兄・ツバサと再会すべくタクヤにとある交渉を持ちける。

ギークの車で移動するタクヤとユキだが、ロストに近づいた影響で同じ場所、同じ時を繰り返す過去の世界に迷い込んでしまう。脱出の鍵は、3年前の消滅に巻き込まれた人気アイドルグループSPR！？そしてタマシイになったユキの弟の目的とは！？

その日、一つの都市が消滅した。3年たった今でも原因と詳細は解明されず、巻き込まれた多くの人が行方不明になっている。唯一生き残った少女・ユキは家族の生存を確かめるべく運び屋のタクヤと消滅都市・ロストを目指すのだが…。