その日、一つの都市が消滅した。3年たった今でも原因と詳細は解明されず、巻き込まれた多くの人が行方不明になっている。唯一生き残った少女・ユキは家族の生存を確かめるべく運び屋のタクヤと消滅都市・ロストを目指すのだが…。

時は大正。炭売りの少年・炭治郎は慎ましくも幸せな日々を送っていた。しかし鬼に家族を皆殺しにされた事で状況は一変する。唯一生き残った妹の禰豆子は鬼にされていまい、炭治郎に襲いかかるのだった。

訳あってテント暮らしをする女子高生・本田透は、クラスメイトの草摩由希と彼の従兄弟の紫呉にテント生活を目撃されてしまう。さらにテントが崖崩れに巻き込まれてしまい、家を失った透は草摩家に居候することに。そんな中で草摩家の”秘密”を知ってしまった透は…！？