幼少期のガブリエルはアリシアという少女を手にかけたせいで魂の甘さを知ってしまう。皇帝ベクタとしてアンダーワールドに現れた彼は闇の軍勢に人界侵略を命令。人界との和平を望む暗黒騎士シャスターとリピアに待っていたのは、残酷な結末だった。

アンダーワールドへのダイブを決めたアスナ。一方、最高司祭の死を知った暗黒騎士団長・シャスターは人界との和平を模索する。しかしそこに降臨したのは、アリス奪取を目論み、暗黒神ベクタのスーパーアカウントでダイブしたガブリエルだった！

闇の軍勢からセルカ達を守るべく、整合騎士アリスは再び剣を手に戦う！そして現実世界のオーシャンタートルは正体不明の敵による襲撃を受けた。キリトの危機に怒るアスナ。菊岡たちは敵の狙いがボトムアップ型人工知能「アリス」の奪取だと結論づけるが…！？

アドミニストレータとの激闘から半年後。フラクトライトに大ダメージを負ったキリトは言葉と感情を無くし廃人状態になっていた。彼の身を守るため、ルーリット村のはずれにある家に身を寄せたアリス。しかしダークテリトリー侵攻の時はすぐそこに迫っていた！