ジャンヌの窮地を救った忍はジャンヌの意志を受け止め、彼女を七光聖教に招き入れる。一方、帝国元帥ネウロ秘蔵の魔導士、タンガニカは、隠されていた実力をついに現す。まき散らされる破壊と破滅。それは帝国の力を示すに十分なものだった。それに対抗し、世界最高の政治家、御子神司は、かねてから用意していた策を発動する。それは、異世界における革命の始まりを告げる狼煙となった。

情報収集を続ける忍は碧の団の不審な動きを掴み、ジャンヌの身を案じていた。一方、街では病が流行していた。異世界の医療では手の施しようがなく、司たちの準備した医薬品も不足している中、患者は死に至る病で苦しんでいる。患者を救うことのできない七光聖教を侮辱する地元の医師会に怒る暁。彼の心意気に応えるように、世界最高の医師、神崎桂音は薬を作り患者たちを救うと宣言する。

これから帝国との戦争が本格化し、忙しくなるだろうと思った矢先、司と林檎はドクターストップがかけられる。休養を命じられた司は、休息の合間に、一緒に街を散策しようと、林檎に提案する。それはつまり、デートなのでは？　世界最高の科学者である林檎だが、恋愛に関しては無知で無力だった。仲間たちに相談するが、林檎の不安と混乱は全然消えない。

ギュスターヴの天の炎を、辛くも破る司たち。七光聖教を危険だと判断したギュスターヴは、すぐさま進軍を命じる。ギュスターヴの命を受け、七光聖教を制圧せんと進軍するアークライド侯爵。七光騎士団は厳寒の冬山で、その軍勢と激突する。その頃忍は、ジャンヌが属する反帝国組織「碧の団」と合流していた。

七光聖教の存在に激怒するギュスターヴは迸る怒りのそのままに、天の炎、ラージュソレイユを解き放つ。突然の攻撃に混乱を極めるドルムント。そんな状況にあって、司は落ち着き払っていた。全ては想定していたこと。皆が為すべきことを為せば、必ず切り抜けられるはず。司が作成した避難計画によって、ドルムントは最悪の被害を免れる。だが、天の炎は止まらない。

北部の村、ココノノ村を訪れる忍とエルク。二人は予測に反して村人から惜しみない歓待を受ける。村は綺麗に整備され、住民は身なりもよく穏やかな人ばかりであった。全ては北領総督であるオスロー・エル・ギュスターヴの統治のお陰だと、彼を賞賛する村人たち。ココノノ村は稀に見る豊かな村だったが、忍はその裏にある底知れぬ闇を感じ取り調査を進める。

ドルムントを拠点に、次々に改革を進めていく司だったが、帝国との本格的な衝突にも備える必要があった。一方、リルルはフィンドルフから助けてもらった礼を、司に言えないでいた。

圧倒的な科学力を以て、悪徳領主フィンドルフを討ち果たした超人高校生たち。だがそれは、全ての始まりにすぎなかった。七光聖教を名乗り、自らを神の使いとして人々の前に姿を現した司たちは異世界の人々をまとめ導こうとする。

この一帯を治める卑劣な領主フィンドルフのもとへ、リルルが連れ去られてしまう。司は政治家としての立場からもっとも犠牲が少なくて済む解決策を村人たちに提案する。

猿飛忍の働きで、朧気ながらこの世界の情勢が判明する。この世界を支配する覇権国家、フレアガルド帝国。失われた信仰、七光聖教。元の世界に帰る方法を探す司たちだが、謎は深まるばかりだった。そんな時、平和なエルム村に危機が訪れる。