ＳＮＳで依頼した音楽が映像とまったく合わないという問題が発生した。大団円のダンスシーンはデモ音源に合わせて水崎が作画しており、曲が変わると成立しない。浅草が出したのは、ダンスをやめてラストを作り直すという大胆な結論だった。実は終わり方にずっと疑問を感じていたが、変更すれば納得できるものになるという浅草の説明を、金森と水崎は受け入れる。そしてコメットＡ当日。映像研の新作アニメ「芝浜ＵＦＯ大戦」とは？

コメットＡでの新作アニメ発表のためにＤＶＤの複製を依頼していた写本筆写研究部が、不正取引で警備部に摘発された。教頭や生徒会による映像研への監視の目は厳しくなるばかりだ。しかし金森は、学校側が活動を認めざるを得ない状況に持ち込む策をめぐらせていた。

自主制作物展示即売会「コメットＡ」での新作発表に向けて映像研は猛進する。しかしその活動は教師たちに目をつけられることとなった。学校外で活動するリスクについて生徒会のさかきにも忠告されるが、３人はアニメ制作を続行。ストーリーを決めるためのヒントを求めて、音響部・百目鬼の音ロケに同行する。

文化祭での上映会は大成功に終わり、ＤＶＤの予約も多数取ることができた。しかし、ロボットアニメの権利はクライアントであるロボット研究部にあり、映像研に残された利益はごくわずかだった。金森は、学校の外に出て、自主制作物展示即売会「コメットＡ」に参加することを提案する。

文化祭当日の朝、現場で生アテレコになってしまったものの、ロボットアニメはなんとかできあがった。浅草と百目鬼はギリギリまで音楽と効果音の調整を続ける。金森は、カリスマ読者モデルとしての水崎の知名度を利用して集客を図る。

文化祭で上映するロボットアニメの制作は思うように進まずにいた。作画が遅れているため、音響部の百目鬼（どうめき）は効果音の準備が始められない。声優を買って出たロボ研の小野たちの演技は暴走するに違いなく不安だらけ。らに、美術部の芸術が爆発して背景の描き直しが大量に発生、浅草が肩代わりすることになる。

映像研は文化祭で上映するロボットアニメに取りかかった。今回は美術部が背景を手伝ってくれるという。オープニング曲はロボ研が作曲、劇中の音楽は水崎が知り合いに頼むことになった。金森は、効率改善のためにＰＣの調達に動く。関わる人数が増えていくことに不安を感じる浅草。さらに、音響部についての情報がもたらされ、金森と浅草は部室を訪ねる。そこには膨大な量の音源を守る音響部唯一の部員、百目鬼がいた。

浅草は校内であやしげなロボットの痕跡を発見し、追跡を開始する。たどり着いた先にいたのは何やらロボットの作動テストが行う生徒たち。その中にはなぜか金森と水崎の姿もあった。実はロボット研究部から、文化祭で上映するロボットアニメを作ってほしいという依頼があったのだという。テーマは「ロボット対怪獣」だ。映像研の３人は作品のヒントを探して、芝浜高校創立前から存在するという不気味な地下空間にロケハンに向かう。

予算審議委員会で上映する短編アニメに取り組む映像研の３人。しかし作業はなかなか進まない。風景だけのカットを入れたり見せ場を繰り返すなど、浅草がテクニックを駆使するが、動きの細部にこだわる水崎の作画の遅れは取り戻せない。金森は、脅したりすかしたりして妥協案を提示する。そして迎えた委員会の日。相手となる生徒会は、「生徒会には手を出すな」と言われるやっかいな存在だ。映像研は予算を獲得することができるか？

映像研の３人に与えられた部室は、天井も壁も穴だらけの古い倉庫。まずは修理が必要である。作業を始めた浅草は宇宙船の修復訓練を夢想する。そして３人は、「予算審議委員会」でアニメを発表し、活動をアピールすることを決める。