圧倒的強さを誇るケツァルコアトルを前に藤丸は魂の真っ向勝負を挑む！決着、そしてエレシュキガルのねぎらい。藤丸一行はマルドゥークの斧とケツァルコアトルを連れ、ウルクへの帰路に着く。しかしこの時、ギルガメッシュ王の身に一大事が起きていた！

ウルク市に3女神・ケツァルコアトルが現れた。王命で向かったエリドゥの地。目的はケツァルコアトル打倒と保管された神具・マルドゥークの手斧の回収である！道中、足を踏み入れた密林で、藤丸一行はジャガーマンと再会するのだが…。

ギルガメッシュ王は女神ゴルゴーンへの対抗策として、女神イシュタルの買収を藤丸に命じる！山のような鉱石類と黄金を目にしたイシュタルの気持ちは揺らぎに揺らぎまくって…！？夜になり、藤丸に話しかけてきたのはエレシュキガルだった！

急ぎ北壁に戻った藤丸たちだが、そこに現れたのは牛若丸が相手取っていたはずのティアマトだった！明かされるティアマトと偽エルキドゥの真名！レオニダスは宝具・炎門の守護者（テルモピュライ・エノモタイア）を解放しティアマトに抗うが…！？

北壁でレオニダスとの挨拶も早々に、牛若丸、弁慶と合流した藤丸たちは城塞都市ニップルに取り残された人々の救出に向かう！しかしそこで待っていたのはエルキドゥと、「ティアマト」を名乗るアベンジャーのサーヴァントだった！

新たな王命を受けた藤丸たちは、天命の粘土板を回収すべくクタの街へやって来た。そこで冥界に迷い込んだ彼はジウスドゥラと再会する。イシュタルが襲来し、3女神同盟の目的を聞き出すことに成功するが…。

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藤丸とマシュは新たな王命を受けペルシア湾の調査へ向かう。久々の二人旅…になるはずがギルガメッシュ王も同行する事に。旅の思い出。つかの間の穏やかな時間。しかしそこにエルキドゥが襲来して事態は一変する！

ウルク市内で謎の老人（CV：中田 譲治）から忠告を受けた立香とマシュ。ギルガメッシュの王命でウルの町を調査するが、町人たちは一日ひとりの生贄を捧げることで生きながらえていた。ジャガーマンを名乗る森の女神も現れて戦闘勃発！

ギルガメッシュ王は既に聖杯を手にしていた。カルデアの力は借りぬと宣言し交渉が決裂するなか、三女神同盟のイシュタルが襲来！宿舎をあてがわれた立花たちはサーヴァント・牛若丸、弁慶、レオニダスと出会う。さらにシドゥリの提案を受けウルク市で働く事になるが…。