実戦授業を経て生徒の信頼を勝ち取ったリムル先生！彼らに上位精霊を宿す事でその身を滅ぼす程の魔素エネルギーを制御できないかと考えるが、”精霊の住処”を見つけられないまま1ヶ月が経過する。

アリス・ツーベルクに関する全ての情報を聞いた”整合騎士アリス”はキリトと共闘することに。一方、カセドラル最上階で目覚めたユージオの前に、アドミニストレータが現れて…！？

赤ん坊のエレオノールと接するうちギイやフランシーヌ人形の様子に変化が見え始める。ある夜、才賀家にオートマータの大群が襲来。去るように命じたフランシーヌ人形だが、オートマータはなぜか命令を聞かず…！彼らの目的とは！？

カリュブディスの騒動がひと段落した頃、リムルはシズの教え子に会うためイングラシア王国を訪れる。そこで出会ったグランドマスター、ユウキ・カグラザカの計らいで《召喚者》の子供達の教師をすることになるのだが…！？

正二とアンジェリーナの子供はエレオノール！貞義は養子で、かつてディーン・メーストルを名乗る《しろがね》だった！しかもその外見はジンに瓜二つで…！？アンジェリーナと少年ギイ、正二とフランシーヌ人形の接点が明かされる！

中央都市リムルにカリュブディスとメガロドンが迫る！総力戦でメガロドン13体の撃墜に成功するが、カリュブディスに苦戦を強いられて…！？戦闘の最中、リムルはカリュブディスの依代となったフォビオの目的が魔王・ミリムだと気づく。

ユージオと整合騎士長ベルクーリが激突！武装完全支配術を開放するユージオだが、突如現れた元老長チュデルキンによりベルクーリが活動停止に追い込まれれる。そしてその魔手はユージオにも…！？

祖父・才賀正二の血にはアクアウイタエが溶け込んでいた！それを飲まされた勝は、彼の記憶を辿っていく。時は江戸時代。長崎で町医者として働いていた正二は、異人の花魁・遠野太夫と出会う…。

魔王ミリムへの復讐心に駆られるフォビオは、魔王クレイマンの手先であるフットマンとティアに乗せられてカリブディス復活に協力してしまう。その驚異はリムル達が住むジュラテンペスト連邦国に迫っていた！

カセドラルの外に吹き飛ばされたキリトとアリスだが、何とか落下を免れていた。二人は休戦協定を結び、協力して塔内部へ戻る手段を模索する。話し合いの結果、壁面伝いに95階の《暁星の望楼》を目指すのだが…。