ギャンブラー・ジョーンズとの戦いで追い詰めれらていくミンシア！さらにオートマータの援軍が到着し、戦いは激しさを増していく。上位互換の敵を前にジョージは劣勢！？阿紫花の前に立ちはだかったのは最古のパンタローネだった！

リムルが転生する以前の話。悪魔討伐の依頼を受けてフィルウッド王国を訪れた彼女は、「黒」と名乗る悪魔に出会う。不可解な点も多いこの依頼。それが後にシズと黒、そしてリムルに奇妙な縁をもたらす。

チュデルキンと炎の巨人を葬ることに成功！アドミニストレータはキリトが現実世界の人間だと確信する。彼女が生み出した最終兵器・ソードゴーレムによって戦闘不能に陥るキリトとアリス。突如響く謎の声…。窮地に現れたのはカーディナルだった！

フェイスレスによってゾナハ病が世界中にばら蒔かれた！リーゼと飛行船を追跡する勝。鳴海とギイは完成したゾナハ病治療マシーンを守るため研究所へ向かう！一方、復活した最古の3人は亡きフランシーヌ人形そっくりのエレオノールと出会い…。

ケンヤたちが上位精霊の召喚・統合に成功する中、残るクロエが召喚したのは異常なエネルギーを持つ”謎の精霊もどき”だった！そして別れの時が訪れる…。イングラシア王国を後にしたリムルを見つめる、怪しい人影の正体とは！？

戦いのさなか、ユージオの記憶を呼び覚まそうとするキリト。しかしユージオの武装完全支配術でアリス共々凍りづけにされてしまい…！？アドミニストレータを前に正気を取り戻したユージオは反撃に出る！

目の前の「勝＝貞義」だと尚も疑うギイと正二。だが黒賀の男が口を開き、バイ・ジンの空白の時間を語り始める。変装を解いた男の正体。それは死んだはずのフェイスレス司令で…！彼とディーン、貞義、そして始まりの男バイ・ジンは全て同一人物だった！

子供たちに上位精霊を宿らせるべく妖精迷宮を進むリムルたち！ゴーレムの試練を突破すると、精霊女王ラミリスが姿を現した！事情を知ったラミリスはリムルたちを精霊の住家へ案内するが…！？

セントラル・カセドラル95階《暁星の望楼》に到着したキリト達はユージオが残した青薔薇の剣を回収してさらに上階を目指す。元老院の秘密やアリス・ツーベルクが整合騎士になる過程が明かされる中、キリトの前に立ちはだかったのはシンセサイズを受け整合騎士になったユージオだった！

アクアウイタエを飲み《しろがね》となってしまったエレオノールを守るため、正二とギイは彼女をキュベロンに送り込む。37年が経ち、ようやくエレオノールに再会した正二だが、目にしたのは人形の様になってしまった我が子で…。才賀貞義の恐るべき計画も明らかになる！