四郎とセミラミスの別れ。空中庭園の崩壊。ジークのひとつの願いによって聖杯戦争が幕を閉じた。そして幾ばくの月日が経ち、ジャンヌは邪竜となったジークの元へ辿り着く。

大聖杯と天草四郎を葬るため「ラ・ピュセル」を発動したジャンヌは、その反動で消滅してしまう。仇討ちに燃えるジークと天草四郎がついに激突する！

セミラミスとの激戦を制したモードレッドは重症を負った獅子号と共に消滅する道を選ぶ。一方シェイクスピアは宝具でジルドレを召喚。ジャンヌを精神的に蝕んでいく。

肉弾戦となったケイローン対アキレウスの師弟対決。アストルフォにトドメを刺そうとするセミラミスの前にモードレットが参上。憎しみに染まったアタランテは宝具を解放し…

最終決戦開幕！黒のアーチャー・ケイローンと赤のライダー・アキレウスが激突するなか縛られてしまうシェイクスピア！天草四郎は己が願いを叶えるため大聖杯に手を伸ばす…

ジャックの内的世界に取り込まれたジーク達。滅ぼすことでしか彼女達を救うことができないと言うジャンヌに諭され、ジャックは自ら滅ぶ事を決めた。だがそれをよしとしないアタランテはついに発狂し…

赤陣営が去り、ミレニア城西につかの間の休息が訪れた。ジークと再開したジャンヌは、先のお説教を始め…。そんななか、赤側に寝返ったアヴィケブロンがロシェに牙をむく！