呼び込みのディランが「音信不通の婚約者キャシーを捜してほしい」と依頼してきたのだが、彼はキャシーに言われるがまま、怪しげな団体に大金を支払っていた。ワトソンとメアリは潜入捜査を開始する！着実に証拠を集めていくなか、メアリを庇ったワトソンが毒薬を打たれてしまい…！？

自殺サミットを開催した齋からアレックスへの要請。それは、自殺をすべきか思い悩む一人の少女との対話だった。深い思慮の果てに、善悪の真理に近づきつつあるアレックスは少女との対話に応じる。悪を止める覚悟をした正崎は、齋の誘いを不審に思い支給された銃を握りしめる。全世界が注目する中、静かにそして着実に曲世の手は二人へと伸びていた。

師であるナイトアイと“個性”を一度に失ったミリオを見舞ったデクは、それでも前向きなミリオの言葉に逆に勇気をもらうことに。お茶子、切島、梅雨ちゃんらも同じく、今回の事件を受けて決意を新たにし、4人は雄英寮へと帰ってきた。そんな中、爆豪と轟は、以前落ちたプロヒーロー仮免試験への再挑戦のための補講へと向かう。

その身を代償にゴルゴーンと決着をつけたアナ。しかし特異点は消滅しなかった。七つの人類悪の一つ・原罪悪の獣ビーストと、新人類ラフムの出現。人類滅亡の時が迫る中、急ぎウルクに戻った藤丸はギルガメッシュ王の側に控えているはずのシドゥリが居ないことに気づく。

2017年、エグゾフレームの驚異が日に日に高まる一方で世界各国は有効な対策を打ち出せずにいた。その空白を埋めるかのように台頭してきたのがエグゾフレームによって武装した現代の傭兵、民間軍事会社（PMC）だった。

オーバーホールは逮捕、警察車両で移送されるが、その道中に死柄木たち敵<ヴィラン>連合が姿を現す―！そして、オーバーホールとの戦いで瀕死の重傷を負い、病院に緊急搬送されるナイトアイ。彼がミリオに見る未来とは…？

アナと花屋のおばあさんが過ごした短くも大切な時間。マーリンが望むのは人類のハッピーエンドだった。ついに訪れる決戦の時。北壁はケツァルコアトルの前にキングゥが姿を現す！マルドゥークの斧を受け取ったマーリンは鮮血神殿の一部を破壊。藤丸一行はその内部に乗り込むが…！？

身体も心もボロボロになった京極は入院を余儀なくされる。そして依頼主の少年・フータロウが、異世界転移したかもしれない親友を助けてほしい、と探偵長屋に駆け込んでくる。非現実的な内容に、意外にも反応したのはシャーロックだった。

ホスピスでフローレスの電話記録を耳にした正崎とハーディ。そこへ、ドイツとイタリアで同時に自殺法導入が決定したとの速報が入る。混乱を極める中、二人の目の前でさらに予想外の事態が発生する。

八斎會を裏切った敵<ヴィラン>連合の誘導により、巨大なドラゴンの姿となったリューキュウが天井をぶち抜き現れた。その穴から壊理を連れ逃げようとするオーバーホールだったが、ミリオやデクの思いを受けた壊理の“個性”が突如発動、音本と融合した姿から元の姿に戻され、壊理を手放してしまう。しっかりと壊理を抱きとめたデクは、再び巨大な姿へと変貌したオーバーホールを前に、壊理を背負い立ち向かう！