始まりの地――軽井沢にある才賀の別荘跡を訪れた勝は、管理人を名乗る男に鍵の束と一通の手紙を渡される。それは亡き父・貞義が30年も前に”勝”という名の子供に託した物だった！

ベスターがフルポーションの作成に成功した！喜びも冷めやらぬ中、魔王カリオンの使者がやってきてミリムと争いに！？さらに後日、ブルムンド王国とファルムス王国の調査隊が来訪。魔王クレイマンはカリブディスが復活するとの情報を聞きつけ動き出す！

ファナティオの処置をカーディナルに任せたキリト達は、昇降盤を使い80階《雲海庭園》に到着する。待ち受けていたのは整合騎士アリスと彼女の神器《金木犀の剣》だった。キリト、ユージオ、アリスの武装完全支配術がついに激突！

ベスター、ガビルらを新たな配下に加え、ジュラテンペスト連邦国は活気を増していく。そんなある日、リムルの前に魔王ミリムが襲来！デストロイの異名を持ち、ヴェルドラに匹敵するほどの魔素を秘めた彼女の目的とは…！？

整合騎士見習いの少女・リネルとフィゼルの毒剣に掛かったキリト達は、カセドラル50階《霊光の回廊》に引き出される。そこには整合騎士がファナティオが待ち受けていた。しかし少女2人はその場で「キリトとユージオの首を落とす」と宣言し…！？

ついにフランシーヌ人形を追い詰めた鳴海！だがフランシーヌ人形は自らを「フランシーヌ様に作られた偽物だ」と告白する。本物のフランシーヌ人形はどこへ！？数日後、日本に居たエレオノールの前に鳴海が現れて…！

リムル、ゴブリン、リザードマン、オーク、ドライアドの各勢力はジュラの森同盟を結び、リムルが森の盟主となった。それから3ヶ月後のある日。ゴブリンの街にガゼル・ドワルゴ王の軍が襲来する！その目的とは…！？

黒剣と青薔薇の剣を取り戻したキリト達の前に、紅蓮の騎士・デュソルバートが立ちはだかる！武装完全支配術を発動したデュソルバート。彼がアリスを連れ去った整合騎士だと分かり、ユージオの怒りが爆発する！

鳴海を守ろうと一致団結するしろがね達だったが、レ・キャトル・ピオネールを前に窮地に陥る！そこへ現れたのはルシールらの援軍で…！明かされるドットーレとの因縁。命を賭けた復讐が始まる！！

戦場に姿を現したゲルミュットだが、オークロードに捕食されてしまう！オークディザスターに進化した魔王ゲルドとリムルの最終決戦開幕！リムルは大賢者の《オートバトルモード》で対抗するも、緊急事態が発生し…！？