カセドラルの外に吹き飛ばされたキリトとアリスだが、何とか落下を免れていた。二人は休戦協定を結び、協力して塔内部へ戻る手段を模索する。話し合いの結果、壁面伝いに95階の《暁星の望楼》を目指すのだが…。

ファナティオの処置をカーディナルに任せたキリト達は、昇降盤を使い80階《雲海庭園》に到着する。待ち受けていたのは整合騎士アリスと彼女の神器《金木犀の剣》だった。キリト、ユージオ、アリスの武装完全支配術がついに激突！

整合騎士見習いの少女・リネルとフィゼルの毒剣に掛かったキリト達は、カセドラル50階《霊光の回廊》に引き出される。そこには整合騎士がファナティオが待ち受けていた。しかし少女2人はその場で「キリトとユージオの首を落とす」と宣言し…！？

黒剣と青薔薇の剣を取り戻したキリト達の前に、紅蓮の騎士・デュソルバートが立ちはだかる！武装完全支配術を発動したデュソルバート。彼がアリスを連れ去った整合騎士だと分かり、ユージオの怒りが爆発する！

整合騎士はアドミニストレータがシンセサイズの秘技で生み出した駒に過ぎない。アンダーワールド全てのフラクトライトを削除しようと試みるカーディナル。それはラースの目的である負荷実験を阻止する為の苦肉の策だった。

エルドリエの記憶を呼び覚まそうとするキリトとユージオだが、新手の整合騎士の妨害を受ける。2人を救ったのは、大図書室の賢者・カーディナルだった。セントラルカセドラルの創世記と深く関わる少女・クイネラとは…！？

アリスは記憶を失っていた。セントラル・カセドラルの地下牢に投獄されたキリトとユージオは、看守の目を盗んで脱獄に成功するが、整合騎士エルドリエ・シンセシス・サーティワンが立ちふさがり…！？

ライオス達の部屋に乗り込んだユージオは、ベッドの上で縛られているティーゼとロニエを発見する！2人を助けるため禁忌目録に逆らおうとするがシステムに制御されて動けなくなってしまい…！？

剣の鍛錬をしていたユージオは、ライオスとウンベールに絡まれて立ち合いを受ける事に。後日、ロニエとティーゼから相談を持ちかけられたキリト達はウンベールのもとへ忠言しに行くが…！？

キリトVSウォロ主席の真剣勝負！ハイノルキア流・秘奥義にバーチカルスクエアで応戦するキリトだが…！？検定試験で好成績を修めたキリトとユージオは、上級修剣士に昇格する！