ジミーと同じ愛による支配を目論むトミーはプロジェクトフリーダムの再演、セカンドカミングの成功に向けて動き出す。刻一刻と自我を蝕まれるミュウ。エコヲは街中でニルと再会するが、彼女が口にしたのはミュウへの復讐と殺意だった。

ロズと別れたミュウ達の前にロンディ二ウムの青年将校トミーが現れる。ミュウをプリンセスと呼ぶ彼は、10年前のあの日、ゲートの向こうに消えたジミを連れ戻すべく、クリスマスの舞台の主役にミュウを抜擢した。舞台の成功によりジミが戻ってくると信じてやまないミュウ。しかしトミーの真の計画は着実に動き始めていた。旅の終わりを意識し、エコヲの気持ちに変化が現れる。

ロンディ二ウムの街で働く青年ライドとリッチーは、プレイヤーのニルと出会う。拾ったイクイップメントの修理をしていたライド達にニルは「思いが強ければきっと叶う」と言葉をかけた。しかしこれが3人の運命を大きく変えることになる。

旅の途中、突然倒れたエコヲ。助けを求めてミュウが入ったのは目的地・ノームの国だった！国の守護者・ロズはエコヲの症状がミミナシ化の前兆だと言う。彼を助ける条件としてプレイヤーを辞めると宣言したミュウだが…！？そして行方不明となったジミの手がかりはあるのか！？

セクシーと愛の街・ペイズリーパークにやって来たエコヲとミュウは、ジミを知る殿下に会う方法を模索する。そんな中エコヲが出会ったのはキッドと呼ばれる謎の男だった。10年前に起きたフェスの詳細、殿下とジミの関係、そしてミュウの正体が少しずつ明らかになる！

フリークシーン学園に入学したエコヲとミュウは、ジミの情報と引き換えに「ティーンスピリット缶の出どころ突き止めてほしい」と学園長に依頼される。快楽と強い副作用をもたらすソレの調査を始める二人。エコヲはジミに憧れるプレイヤー・ニル少年と意気投合し友達になるのだが…！？

プレイヤーでありトレモロ技研のビリン、ケヴィンに保護されたエコヲとミュウ。ビリンは10年前、ミミナシを一掃する大作戦・フェスの失敗が、ジミ・ストーン・フリーただひとりによって引き起こされたと語る。それはミュウと同じコアパーツを持ち、同じ技を使う男だった！

荒野でミミナシに襲われたエコヲとミュウ。何とか逃げ延びる二人だがメルレの森に迷い込んでしまう。エコヲの前に現れたプレイヤー・ノイバウテン三姉妹。彼女たちはミミナシの正体を明かし、ミュウが「ダダの力」の継承者だと言いその力を解放しようとする。

ミミナシという謎の生命体により人類が危険にさらされる世界。リバチェスタのごみ山で採掘仕事をしていた少年エコヲは記憶喪失の少女と出会う。腰にインプットジャックが空いた少女はそれを戦闘メカ・イクイップメントに接続しミミナシを倒すことが出来る唯一の存在・プレイヤーだった。