キリトVSウォロ主席の真剣勝負！ハイノルキア流・秘奥義にバーチカルスクエアで応戦するキリトだが…！？検定試験で好成績を修めたキリトとユージオは、上級修剣士に昇格する！

仮想世界内部で2年が経過した。キリトとユージオは、王都セントリアにある修剣学院の傍付き初等練士として忙しい毎日を送っている。そんなある日、上級生のウォロ・リーバンテイン主席に目をつけられてしまい…！？

禁忌目録を破った初のAI・アリス。STLを使ったプロジェクトの全貌が、菊岡によって明かされる。その名は「アリシゼーション計画」。敵を殺す自律型AIを生み出すための実験だった。キリトが被験者になった理由とは？

現実世界の2026年6月29日。ジョニーブラックに襲撃されたキリトは、意識不明の重体に陥る。菊岡の提案で高度な治療を受けられる施設に運ばれたはずの彼だが、直後行方不明になってしまい…。アスナ達はキリトの捜索を開始した！

キリトとユージオはセルカを助けるためゴブリンの群れに立ち向かう！しかしその最中、ユージオが重傷を負ってしまい…！命懸けの高位神聖術を使ってユージオを助けようと試みるキリトは、薄らぐ意識の中でアリスの声を聞くのだった！

目指すは王都！ユージオの協力を得るには彼を天職から解放する必要があった。キリトはユージオが持つ青薔薇の剣でギガスシダーを倒そうとするが、上手くいかない。そんな中、アリスの妹・セルカが村から姿を消してしまう！

ジョニーブラックに襲撃されたキリト。次に目を覚ますと、仮想世界・アンダーワールドに閉じ込められていた！ユージオと再開するが、互いの事を覚えておらず…！？

GGOのデスガン事件から半年後の2026年6月。キリトは菊岡の紹介で、ラースが開発する次世代フルダイブ実験機「ソウルトランスレーター」のテストアルバイトを行っていた。だがそれには不可解な謎があって…。

ルーリッドの村に住む少年・キリトは幼馴染のユージオ、アリスと共に果ての山脈の洞窟へ向かう。そこでダークテリトリーに入ってしまったアリスは、禁忌目録を犯した罪で処刑を宣告されるのだった。